Gebze Gar İstasyonu, Farabi Devlet Hastanesi ile Fatih Devlet Hastanesi İstasyonları arasında yer almaktadır. Marmaray ve Hızlı Tren Hatları ile entegrasyonu sağlanacaktır. İstasyon ve istasyona bitişik makas-otopark yapısı, Ethem Bey Caddesi’nin güneyinde, caddeye dik olarak Gebze Marmaray istasyonu giriş köprüsüne hizalı şekilde konumlandırılmıştır. İstasyon ve Makas yapısı Aç-Kapa Metodu ile inşa edilmektedir. İstasyonun derinliği 29 m, İnşaat Alanı ise 26.988 m²’dir.